L'archivio originario della Commissione ha subito gravi perdite documentarie tra le quali spiccano quelle della "relazione Massari", letta nel comitato segreto del 3-4 maggio 1863. (doc. n. 58-B), dei verbali delle sedute della Commissione dal 19 dicembre 1862 al 1° maggio 1863, dei verbali dei "comitati segreti" dell'Assemblea.
I documenti dell'archivio della Commissione a noi pervenuti, ritrovati dal funzionario parlamentare Franco Molfese e dal medesimo "riordinati e classificati secondo le autorità di emanazione" sono stati oggetto di un successivo intervento nel corso del quale si è proceduto ad una analisi accurata della documentazione nel suo insieme ricostituendo, ove possibile, i fascicoli originari i cui documenti erano stati separati e schedati individualmente.
La schedatura analitica del materiale ha permesso l'individuazione della tipologia dei documenti e il riordinamento del materiale in sei serie documentarie organiche:
Deposizioni. Questa serie contiene i verbali delle deposizioni fornite da alte autorità civili e militari circa le cause e le misure da prendere contro il brigantaggio, raccolte dalla Commissione d'inchiesta in diverse località dell'Italia meridionale tra il gennaio e il marzo 1863;
Indirizzi, esposti, proposte, istanze, memoriali, inviati alla Commissione d'inchiesta da alcuni comuni o da privati per denunziare i danni o avanzare istanza per interventi d'urgenza contro il brigantaggio;
Adunanze della Commissione. Questa serie contiene un promemoria anonimo e non datato, forse redatto dal segretario della Commissione, e le minute dei verbali di alcune adunanze della medesima;
Stati e specchi sul brigantaggio, rapporti, quadri e stati numerici e normativi dei briganti, dei conniventi, stati dei danneggiati del brigantaggio, dei briganti detenuti, documenti concernenti procedimenti penali per brigantaggio trasmessi dalle prefetture o procure generali del Re alla Commissione d'inchiesta. Si tratta di statistiche importanti perché schematizzano il fenomeno "brigantaggio" sotto l'aspetto quantitativo oltre che qualitativo;
Documentazione diversa costituita da rapporti, stati numerici della forza, circolari, relazioni quindicinali, proposte trasmessi alla Commissione dal corpo dei Carabinieri Reali;
Rapporti, istanze, stati numerici delle forze attive e sedentarie, quadri numerici dei briganti morti e feriti ecc., inviati alla Commissione dai comandi militari.
