Tutto il materiale documentario fu consegnato il 10 gennaio 1907, dopo essere stato riordinato e condizionato in un fascicolo di documenti e testimonianze, giudicate riservate, e in 63 volumi contenenti la corrispondenza, i verbali degli interrogatori e delle adunanze della Commissione, gli atti del Comitato incaricato della visita agli arsenali militari e le carte della precedente Commissione d'inchiesta nominata con decreto reale.
La documentazione venne allora organizzata per materie secondo 42 titoli, ciascuno dei quali costituito da uno o più volumi e corredato da elenchi analitici. Il complesso delle materie individuate costituisce una sorta di titolario. In alcuni casi tali materie raccolgono la corrispondenza e la documentazione acquisita relativa agli specifici settori su cui fu condotta l'indagine (ad esempio "18. I cannoni", "19: Il servizio del carbone", "23. Operai", "24. Costruzioni navali", eccetera); altri titoli comprendono invece le particolari tipologie di documenti prodotti nel corso dei lavori (così "1. Questionario", "2. Interrogatori", "6. Ricorsi pervenuti alla Commissione", ecc.).
Non tutta la documentazione trasmessa alla Camera dei deputati è stata rinvenuta in occasione dell'intervento del riordinamento. Mancano in particolare il secondo volume degli interrogatori, i verbali della Commissione indicati con il numero 40 e le carte relative alle materie: 12. Corpo Reali Equipaggi; 13. Gli stabilimenti marittimi; 14. I consessi consultivi; 15. Gli ordinamenti generali; 29. Atti e documenti vari presentati al Comitato alla Spezia; 41. Corrispondenza della stessa Commissione. Le relazioni a stampa, indicate con il numero 42, si conservano nella biblioteca della Camera dei deputati. Nei casi in cui i documenti mancano perché furono restituiti al Ministero della Marina si è sempre provveduto a segnalarne l'assenza nell'inventario. Si sono invece rintracciati documenti, in scarsa quantità, che non sembrano appartenere a nessuna delle categorie previste e che sono stati raccolti in una piccola appendice.
L'intervento di riordinamento è consistito nel risistemare il materiale documentario secondo l'ordine che la Commissione decise di seguire al momento della consegna delle carte all'archivio della Camera. In fase di riordinamento si è rinvenuta sui documenti in arrivo l'indicazione di una classificazione per "posizioni". Si tratta, tuttavia, di tracce del tutto insufficienti non solo a riprodurre l'ordine originario delle carte, ma anche a ricostruire il titolario di cui la Commissione fece forse uso durante la sua attività.
Data la presenza di elenchi piuttosto dettagliati - in alcuni casi la descrizione riguarda i singoli documenti - si è ritenuto opportuno, in sede di inventariazione, limitare le indicazioni ad alcuni elementi essenziali: il titolo, le date (che talvolta integrano gli elenchi), la descrizione sintetica di gruppi di documenti omogenei nell'ambito di ciascun volume e il rinvio, in nota a ciascun titolo, alle pagine dell'Indice che contengono i rispettivi elenchi.
Si sono sempre riportati i destinatari e i mittenti del carteggio e gli autori dei documenti.
L'archivio è pertanto strutturato secondo il seguente schema:
- 1. Questionario
- 2. Interrogatori
- 3. Amministrazione dei fondi di cassa delle navi da guerra
- 4. Reati riguardanti la Regia Marina
- 5. Ispezioni ed inchieste eseguite alle amministrazioni militari dipendenti dal Ministero della Marina
- 6. Ricorsi pervenuti alla Commissione
- 7. Anonimi
- 8. Cause civili trattate dalle regie avvocature erariali
- 9. Relazioni di singoli commissari e di ufficiali di Marina
- 10. Trasformazione della regia nave "Italia"
- 11. Il personale navigante e combattente e il Naviglio
- 12. Corpo Reali Equipaggi
- 13. Gli stabilimenti marittimi
- 14. I consessi consuntivi
- 15. Gli ordinamenti generali
- 16. I contratti
- 17. Le corazze
- 18. I cannoni
- 19. I proiettili
- 20. Il servizio del carbone
- 21. Il servizio viveri
- 22. Ordinamento della contabilità nell'amministrazione della Marina. Uffici di controllo
- 23. Operai
- 24. Costruzioni navali
- 25. Preventivi di materiali e riassunti delle spese fatte da uffici dell'amministrazione della Marina. Libro di nomenclatura dei materiali
- 26. Alloggi adibiti a funzionari della Regia marina
- 27. Analisi di due campioni di olio di oliva
- 28. Regia Accademia navale di Livorno
- 29. Atti e documenti vari presentati al Comitato alla Spezia
- 30. Documenti riservatissimi
- 31. Verbali della Commissione d'inchiesta
- 32. Corrispondenza della Commissione
- 33. Verbali delle visite agli arsenali di Spezia e Maddalena
- 34. Verbali delle visite agli arsenali di Napoli e Castellammare
- 35. Verbali della visita all'Arsenale di Taranto
- 36. Verbale della visita all'Arsenale di Venezia
- 37. Verbali relativi ai contratti negli uffici nell'Arsenale di Spezia
- 38. Rapporti del Comitato
- 39. Corrispondenza del Comitato
- 40. Verbali della Regia Commissione d'inchiesta sulla Marina
- 41. Corrispondenza della stessa Commissione
- 42. Relazioni a stampa pubblicate dalla Commissione. Relazione preliminare.
